Thông tư số 68/2019/TT-BTC gồm 5 Chương, 27 Điều, 2 phụ lục và có hiệu lực từ ngày 14/11/2019. Thông tư 68/2019/TT-BTC đã có những quy định mới được phù hợp với các văn bản quy phạm pháp luật liên quan và thực tế triển khai áp dụng hóa đơn điện tử trong giai đoạn hiện nay. Một số điểm nổi bật: 

1. Nội dung của hóa đơn điện tử

Các nội dung của hóa đơn điện tử được quy định chi tiết tại Khoản 1 và Khoản 2 Điều 3 của Thông tư 68/2019/TT-BTC. Về cơ bản các nội dung của hóa đơn điện tử có các nội dung theo quy định tương tự tại Thông tư 32/2011/TT-BTC. Tuy nhiên cần lưu ý quy định mới về ký hiệu mẫu số hóa đơn và ký hiệu hóa đơn.

2. Quy định các trường hợp không nhất thiết có đầy đủ tiêu thức nội dung

Ngoài quy định nội dung của hóa đơn điện tử tại Khoản 1 và Khoản 2 Điều 3 nêu trên thì tại Khoản 3 Điều 3 của Thông tư 68/2019/TT-BTC cũng quy định một số trường hợp không nhất thiết phải có đầy đủ các nội dung theo yêu cầu của Khoản 1 như: trên hóa đơn điện tử không nhất thiết phải có chữ ký điện tử của người mua; tên, địa chỉ, mã số thuế người mua; ký hiệu mẫu số hóa đơn, ký hiệu hóa đơn, số hóa đơn; chữ ký số, chữ ký điện tử người bán…

3. Quy định thời điểm lập hóa đơn điện tử

Thời điểm lập hóa đơn điện tử được xác định cụ thể theo thời điểm người bán ký số, ký điện tử trên hóa đơn được hiển thị theo định dạng ngày, tháng, năm (ví dụ: ngày 30 tháng 4 năm 2019), tuy nhiên phải phù hợp với hướng dẫn về thời điểm lập hóa đơn điện tử quy định tại Điều 7 của Nghị định số 119/2018/NĐ-CP và Điều 4 Thông tư 68/2019/TT-BTC.

4. Quy định các trường hợp ngừng sử dụng hóa đơn điện tử

- Các trường hợp ngừng sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế: Ngoài 4 trường hợp ngừng sử dụng hóa đơn điện tử theo quy định tại Khoản 1 Điều 15 Nghị định 119/208/NĐ-CP, tại Khoản 1 Điều 9 Thông tư 68/2019/TT-BTC quy định cụ thể thêm 3 trường hợp ngừng sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế.

- Các trường hợp ngừng sử dụng hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế: Theo quy định tại Điều 15 Thông tư 68/2019/TT-BTC về việc ngừng sử dụng hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế, người bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ là doanh nghiệp, tổ chức kinh tế thuộc các trường hợp nêu tại Khoản 1 Điều 9 Thông tư này không lập hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế để giao cho người mua.

 5. Cách xử lý hóa đơn điện tử khi có sai sót

Trong quá trình tạo lập hóa đơn, nếu xảy ra sai sót thì cách xử lý sai sót với hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế sẽ khác với cách xử lý sai sót với hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế. 

Với hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế, cách xử lý khi có sai sót được quy định tại Điều 11 Thông tư số 68/2019/TT-BTC. Trong đó, các sai sót đã được phân định thành từng trường hợp và có cách xử lý khác nhau, cụ thể các trường hợp như sau:

- Trường hợp người bán phát hiện hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế chưa gửi cho người mua có sai sót.

- Trường hợp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế đã gửi cho người mua phát hiện có sai sót.

- Trường hợp cơ quan thuế phát hiện hóa đơn điện tử đã được cấp mã có sai sót.

Với hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế, cách xử lý khi có sai sót được quy định tại Điều 17 Thông tư số 68/2019/TT-BTC, theo đó cũng quy định cách xử lý khác nhau với từng trường hợp sai sót, cụ thể các trường hợp như sau:

- Trường hợp hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế đã gửi cho người mua có phát hiện sai sót.

- Trường hợp sau khi nhận dữ liệu hóa đơn điện tử, cơ quan thuế phát hiện hóa đơn điện tử đã lập có sai sót.

6. Điều kiện yêu cầu với tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử

Thông tư số 68/2019/TT-BTC có quy định rõ về điều kiện của tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử tại Khoản 1 Điều 23, bao gồm các điều kiện về chủ thể, tài chính, nhân sự, kỹ thuật. 

7. Hiệu lực thi hành

- Thông tư 68/2019/TT-BTC ban hành ngày 30/09/2019 có hiệu lực từ ngày 14/11/2019.

- Từ ngày 01/11/2020, các doanh nghiệp, tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ, cá nhân kinh doanh phải thực hiện đăng ký áp dụng hóa đơn điện tử theo hướng dẫn tại Thông tư này.

- Từ ngày 01/11/2020, một số Thông tư, Quyết định của Bộ Tài chính về hóa đơn, hóa đơn điện tử hết hiệu lực thi hành.

8. Xử lý chuyển tiếp

- Từ ngày 01/11/2018 đến ngày 31/10/2020, các đơn vị vẫn có thể áp dụng hóa đơn theo quy định tại Nghị định số 51/2010/NĐ-CP, Nghị định số 04/2014/NĐ-CP và các văn bản hướng dẫn thi hành nếu cơ quan thuế chưa có thông báo chuyển sang áp dụng hóa đơn điện tử theo Nghị định 119/2018/NĐ-CP. 

- Kể từ thời điểm sử dụng hóa đơn điện tử theo quy định tại Thông tư 68/2019/TT-BTC, nếu phát hiện hóa đơn đã lập Nghị định số 51/2010/NĐ-CP, Nghị định số 04/2014/NĐ-CP và các văn bản hướng dẫn của Bộ Tài chính mà có sai sót thì người bán phải lập văn bản thỏa thuận ghi rõ sai sót, người bán thực hiện thông báo với cơ quan thuế theo Mẫu số 04 Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định số 119/2018/NĐ-CP và lập hóa đơn hóa đơn điện tử mới (hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế hoặc hóa đơn điện tử không có mã) thay thế cho hóa đơn đã lập có sai sót.​